故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场，之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年，阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键，安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类，已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是，阿尼莫奈潜入Eureka Seven的内部——。

超能者存在与我们身边，但他们的生活并不想欧美大片里超级英雄那么风光，他们往往是我们身边最普通的人，做着并不起眼工作，而当人民有了危机，社会有了危难，他们会立刻挺身而出。他们隶属于超能协会，行事一向低调，从来不会暴露自己超能力者的身份。青年马丢凭借着自己浑身上下的体液都是强力胶水的超能力进入了超协，但他行事高调，爱出风头，热衷于捅出各种篓子，让超协其他成员头痛不已，一直都在与团队进行磨合。而另一面seven科技公司的bill博士正在目无法律地搞活体生物实验，其药剂注射到人体可能会发生想象不到的变异，人类正面

一位年轻的少女歌手在七月份的巡回演出中，邂逅了一位年轻英俊的男孩，男孩声称与父亲失去的联系，少女歌手在帮助男孩的过程中，发现他居然是一个幽灵，为了避免灾祸降临，少女歌手开始了不寻常的冒险与努力……